次世代基因定序（Next Generation Sequencing, NGS），又稱第二代定序或高通量定序，是一種基於第一代定序方法開發的高通量定序技術。它能夠快速偵測大量的基因變異，從而幫助臨床醫師迅速選擇合適的癌症標靶藥物。這項技術的應用，使得針對不同基因類型的癌症患者，可以更精準地「對症下藥」，提高治療效果。
過去，次世代基因定序（NGS）的費用相當高昂，根據檢測的基因數量不同，自費價格通常介於新台幣一萬到十萬元不等。以台大醫院的「癌症藥物基因檢驗」為例，一次檢測費用高達新台幣38,500元，對癌症患者來說是一筆不小的負擔。
自2024年5月1日起，次世代基因定序檢測（NGS）已正式納入健保給付範圍。健保將根據檢測方法、基因位點多寡及病人需求等條件，採取定額給付、民眾自付差額的方式。給付標準分為三種類別：BRCA基因檢測支付1萬點、小套組（≦100個基因）支付2萬點、大套組（>100個基因）支付3萬點。預計每年將有約兩萬多名癌友因此受惠。
目前，健保給付的次世代基因定序檢測（NGS）適用於以下19種癌症：
值得注意的是，每人、每種癌症僅有一次健保給付的機會（不包含癌症轉移）。除非確診第二種癌症，才可以再次申請給付檢測。
根據臺北醫學大學胸腔醫學研究中心主任李崗遠的建議，癌友適合進行次世代基因定序（NGS）檢測的第一個時機是「剛診斷罹癌」時。這有助於快速、精準地確定應使用的藥物。此外，若在使用標靶藥物一段時間後產生抗藥性，也可以再次進行檢測，以了解產生抗藥性的機制，並更換合適的藥物繼續治療。
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